Българският лекар, общественик и политик Стоян Чомаков, е виден борец за църковна независимост. Той е дописен , а по-късно и действителен член на Българското книжовно дружество. В дома му в Пловдив днес се помещава Пловдивската градска художествена галерия.
Стоян Чомаков е роден в Копривщица през 1819 година. Баща му умира рано и той е отгледан с помощта на по-големия си брат Салчо и вуйчовците си Големи Вълко и Големи Стоян, които произхождат от богатия бегликчийски род Чалъкови. През 1820 г. Чалъкови се преселват в Пловдив, където играят важна роля в управлението на града и имат голямо влияние върху османската администрация. През 1842 година Салчо Чомаков също се установява в Пловдив и след смъртта на Големи Стоян става един от тримата наследници на Чалъкови.
Първоначално Стоян Чомаков учи в основаното от вуйчо му килийно училище в Копривщица. През 1831 година той се премества в гръцката прогимназия в Пловдив, а след това в съществувалото през 1836-39 година училище на Теофилос Каирис на остров Андрос. След закриването на училището Чомаков продължава образованието си в гимназията в Атина, след това следва медицина в Пизанския университет, завършва във Флоренция и специализира хирургия в Париж през 1848 година.
От 1849 до 1860 година д-р Иван Чомаков е първият градски лекар в Пловдив. Той става известен, като прави за първи път в Османската империя няколко операции на перфориран хранопровод. През 1849 година той открива в града и първата българска аптека, освен това е училищен настоятел и преподавател по френски език.
Малко след завръщането си, Чомаков произнася реч по време на изпитите в гръцкото училище в Пловдив, в която се обявява срещу елинизацията и призовава българите да учат на български език. Противоречията между българи и гърци в града се засилват, след като новоназначеният митрополит Хрисант нарича българския език „цигански“ и много влиятелни българи, сред които Салчо Чомаков, Найден Геров и Георгаки Стоянович призовават за неговото отстраняване.
През 1857 година със съдебно решение Хрисант е отстранен и мястото му заема Паисий, елинизиран албанец, който по-късно подкрепя усилията за обособяване на българската църква. През следващите няколко години споровете в града не спират и на няколко пъти се стига до насилствени сблъсъци между българи и гърци във връзка с използването на български език в богослужението в определени църкви.
Провалът на Русия в Кримската война отслабва позициите на Цариградската патриартшия и тя е подложена на натиск от османските власти да проведе вътрешни реформи, които да намалят ширещата се корупция. Различни български групи се обявяват за отделяне на българската църква, а Драган Цанков призовава за уния с Римокатолическата църква
На 3 април 1860 година в Цариград епископ Иларион Макариополски обявява независимостта на църквата от Цариградската патриаршия и е подкрепен от митрополитите Авксентий Велешки и Паисий Пловдивски. Османското правителство приема да признае създаването на нов български милет едва след сключването на уния с Римокатолическата църква. В края на 1860 г. за глава на униатската църква е назначен архиепископ Йосиф Соколски, а в началото на 1861 година Иларион, Авксентий и Паисий за изпратени на заточение в Атон.
При създалото се положение Стоян Чомаков организира свикването на общобългарски събор в Цариград. Самият той става представител в него на Пловдивската и на Софийскта епархия. След пристигането си в Цариград през пролетта на 1861 г. и с подкрепата на руския посланик , Чомаков успява да издейства отстраняването на Йосиф Соколски, след което много други привърженици на унията оттеглят подкрепата си за нея.
На 9 юни 1861 г. представителите на събора връчват на великия везир Къбръзлъ паша петиция с искане за създаване на българска църква, независима както от Цариградската патриаршия, така и от римския папа. Сред аргументите, посочени в искането, е и това, че обособяването на българската общност ще укрепи нейните връзки със сродния турски народ, което ще отслаби гръцкото и руско влияние. Къбръзлъ паша отхвърля искането, позовавайки се на желанието на Русия за запазване на Патриаршията и османските ангажименти към руското правителство. В същото време външният министър Али паша, който отговаря и за изповеданията, насърчава събора да продължи работата си. Чомаков предлага компромисен вариант, според който от Патриаршията трябва да се отнемат всички светски правомщия, но той не е приет от събора.
Църковният български въпрос получава ново развитие със смъртта на султан Абдул Меджид. Той е наследен от Абдул Азиз, който малко по-късно назначава за велик везир Али паша, изразявал нееднократно симпатии към българските претенции. По същото време Тодор Бурмов, подкрепян от руското посолство, предлага програмата, известна като „Осемте точки“, която предвижда равнопоставеност на българи и гърци в рамките на патриаршията. Въпреки това църковният въпрос не получава особено развитие.
През есента на 1861 г. повечето представители на общобългарския събор се разотиват, като в Цариград остава малка група, която да продължи преговорите с правителството. През март 1862 г. Стоян Чомаков също се завръща в Пловдив, където малко преди това е починала съпругата му. През май той отново заминава за Цариград, като представител на пловдивската община в Смесената комисия, създадена за преговорите с Патриаршията по Осемте точки.
Д-р Стоян Чомаков играе ролята на мирски водач в борбата за отделна българска екзархия. Неговата голяма заслуга е, че съумява да принуди руската и турската политики да приложат спрямо Църковния въпрос националния принцип, в резултат на което през 1870 г. е създадена Екзархията и на българите е признат статут на милет (нация).
Д-р Иван Чомаков умира в Пловдив на 23 ноември 1893 година.